在1937年抗日戰爭時期的中國，來自英國擔任美聯社記者的喬治霍格(強納森萊斯梅爾 飾)冒險進入南京城，親眼目睹了日軍大屠殺中國無辜百姓的殘忍場面，他在震驚中飛快地按下快門，用鏡頭記錄下這一切，深入戰場進行報導，準備向全世界揭露戰爭的真相，卻不幸被日軍俘虜。

後來遊擊隊長陳漢生(周潤發 飾)解救了他，霍格在療傷期間被護士麗（蕾達哈米契爾飾）安排到黃石的孤兒院，那裡有日軍屠殺過後倖存下來的多名性格迥異的孤兒。語言不通的喬治肩負起照顧這些孩子的責任，在黑白兩道通吃的女商人（楊紫瓊飾 演）幫助下，霍格和孩子們建立起一個新家園。

就在此時，戰爭一步步逼近，為了躲避日本人的屠殺和國民黨的徵兵，霍格和陳漢生等人義無反顧帶領這些孤兒沿著中國的古絲綢之路跋涉千里躲避戰火，他們歷盡艱險，翻越雪山，終於來到沙漠的邊緣，當孩子們生命得到保障時，卻發生令人遺憾的事……

【黃石任務】的導演羅傑史波提斯伍德最初是被喬治霍格富於傳奇色彩的人生所打動，幾經周折把這個人物搬上了銀幕。本片製片人亞瑟科恩以曾經七次問鼎奧斯卡小金人的驕人戰績，而導演期望表達：“在南京大屠殺70週年之際，有很多事情值得我們去紀念。但是對於【黃石任務】，只有兩層意思特別需要表達。第一個，就是要牢記歷史，否則我們將再次面臨悲劇；第二個就是我們永遠不要忘記過去，學會如何同我們的鄰邦相處，特別是他們的父母或者祖父母曾經犯下過駭人的罪行。”

從影片內容來看，南京大屠殺並不是影片【黃石任務】講述的重點，在沒有人道的侵略戰爭中，踐踏生命的同時，也見證了人性的光芒。無數愛好和平的國際友人在二戰時向中國伸出援手，儘管這段涉及南京大屠殺的戲份在整部【黃石任務】中只佔三分之一的篇幅，但劇組還是花費數百萬元重造了戰火中的南京，希望真實再現當年日本兵屠殺百姓的悲慘場面。而這一幕，也是電影中最悲壯的一幕：日本兵架起重型機槍，瘋狂射殺廣場上聚集著的200多名手無寸鐵的無辜民眾，人們的尖叫和機槍的肆虐聲交織在一起……導演羅傑形容說：“這是一個非常困難和使人痛苦的拍攝過程。現場每個人都神色肅穆，彷彿被一種龐大的力量所籠罩。面對死亡的恐懼和侵略者的仇恨，全部通過演員們逼真的表演呈現出來。”

為了力求恢復1937年時南京城的舊貌，導演在開拍前就多次到南京實地考察，但由於當年倖存下來的老建築都已經被列為古蹟保護起來，幾乎無法進行拍攝。因此美術道具組花了好幾個月時間，蒐集舊影片和歷史照片，還專門拜訪南京大屠殺紀念館的館長，最後才建造設計出被日本人炸毀的南京城場景。